Sans assurer la vente des produits, les sites comparateurs de prix référencent des offres de produits et de services de sites marchands et permettent aux utilisateurs, grâce à un moteur de recherches et de comparaison propre au site comparateur concerné, de rechercher et de comparer des offres de sites marchands référencées et, le cas échéant, d’accéder directement à l’offre de leur choix sur un site marchand référencé, auprès duquel l’utilisateur pourra choisir de commander le produit ou le service concerné.
En outre, ces derniers accompagnent les utilisateurs dans leurs recherches et leurs achats en mettant à leur disposition, le cas échéant, des services comme les avis d’autres utilisateurs, un forum de discussion, ou toute autre information aux fins de cet accompagnement. Les sites comparateurs de prix jouent un rôle significatif dans le processus d’achat des consommateurs. Plusieurs études indiquent que plus de la moitié des internautes, qui achètent sur Internet, préparent leurs achats en utilisant au moins un comparateur de prix. En outre, les informations collectées par l’internaute sur Internet influenceraient les décisions d’achats effectués en ligne comme en magasin. Sauf exception, les offres référencées sur les comparateurs sont exclusivement celles présentes en ligne sur des sites marchands, les offres proposées sur des places de marché ou en magasin étant généralement exclues des comparateurs de prix. Les sites marchands choisissent généralement les références transmises parmi leur catalogue, sans le référencer intégralement sur les comparateurs.
Le référencement des sites marchands sur les comparateurs de prix se fait le plus souvent sous la forme d’accords commerciaux avec les sites, soit de manière directe, soit par l’intermédiaire de plateformes d’affiliation. Le référencement est alors payant : la rémunération se fait soit au « coût par clic » (indépendamment de la transformation du clic en achat), soit au « coût par acquisition » (facturé si la vente a effectivement lieu). Certains comparateurs proposent également de mettre en avant les sites en fonction de la rémunération versée. D’autres comparateurs (Google shopping) proposent aussi, à côté du référencement payant, un référencement naturel des sites marchands, en « trackant » l’ensemble des offres disponibles en ligne. Ce mode de référencement permet le référencement d’un nombre de sites marchands beaucoup plus important. La plupart des sites comparateurs proposent par défaut un classement des offres référencées en fonction de la popularité/pertinence des résultats, et non par prix croissant. La popularité est généralement fonction de plusieurs critères, et en particulier du nombre de clics des consommateurs sur le produit, ce qui peut rendre difficile la rotation des sites en tête de classement, favoriser les sites notoires et nuire aux nouveaux entrants. Toutefois, la possibilité pour les utilisateurs de modifier les règles de classement et de choisir, par exemple, un classement par prix relativise ces inconvénients.